Según cita Micaela Portilla en su Catálogo Monumental la villa de San Vicente fue poblada durante el reinado de Fernando IV por los vecinos de las aldeas cercanas. Una de ellas era Berberiego, documentada desde 1252 y situada al norte de la actual villa. Aldea poderosa en la organización eclesiástica calagurritana fue cabeza de uno de los cuatro Arcedianatos que, junto con el Calahorra, integraban la diócesis. Este Arcedianato se documenta ya en el siglo XII y comprendía en 1257, según la Carta de Concordia del Obispado de Don Jerónimo Aznar, los Arciprestazgos de Viana, Bernedo, Arana y Arraia.

La palabra Arcedianato proviene de arcediano, archidianocus: el primero, el superior de los diáconos o ministros de la iglesia. El arcediano era el brazo derecho del obispo. Tenia potestad sobre el arciprestes rural, párroco y demás sacerdotes.

Los habitantes de Berberiego, de condición solariega, eran hostigados por las extorsiones y abusos de sueños, ricos hombres e hidalgos infanzones de Castilla y Navarra que los oprimían con tributos y servidumbre por ser propietarios del lugar, ya que las tierras y montes lo eran de dichos vecinos. Entonces decidieron abandonar sus solares y con la aquiescencia de Fernando IV trasladarse «en derredor de una eglesia que dezien San Vicent». Creando hacia 1295-1312 una nueva puebla en terreno realengo («e fizieron puebla nuevamente») buscando la protección del rey.

Frustradas sus rentas, sus antiguos señores acosaron a los campesinos para forzarlos por todos los medios a que regresaran a sus primitivos solares, provocándoles robos y asesinatos.

López de Guereñu cita en el apartado de mortuorios de despoblados de su Onomasticon Vasconiae que, según parece por documentos de aquella época, hacia 1257 no contaba Berberiego mas que con una casa y en 1326 se hallaba completamente despoblado no quedando en pie mas que la ermita de S. Esteban, recuerdo de la antigua parroquia que parece se arruino a mediados del pasado siglo. Todavía cita Medoz para 1845-50: «[…] al N. y a 1/8 de legua esta la ermita de San Esteban iglesia parroquial que fue del hoy despoblado Berberiego […]». En el archivo parroquial se conservan interesantes pergaminos de los siglos XIV y XV detallando los pleitos y vicisitudes que pasaron los de San Vicente hasta conseguir ser villa realenga, emancipándose de Berberiego.

Sin embargo, el nuevo poblado estaba situado en termino y jurisdicción de otra villa mas antigua: Contrasta, por lo que ésta les consideraba como aldeanos suyos y surgieron conflictos. Los de San Vicente elevaron sus quejas al rey Alfonso XI, indicando que si no se ponía remedio a sus problemas despoblarían el lugar y se trasladarían al reino de Navarra. «[…] los concejos de Contrasta de Sant Vicente, por si e por sus aldeas, se nos enviaron querella […]» .

Demandaban ser constituidos en villa por si, proponiendo por su parte como contrapartida el amurallar la villa a su costa. En una fecha indeterminada entre 1312-1319 obtienen el fuero para su puebla de la reino-abuela doña Maria y de los infantes Juan y don Pedro, tutores de Alfonso XI en su minoría de edad otorgándoseles carta y privilegios de población «[…] para que los nuevos habitantes de San Vicente fuesen mas ricos e mas amparados para mi e para mio servicio […]».

A pesar de esto, fueron forzados a pagar ciertos tributos contrarios al fuero, por lo que en 1326, declara ya la mayoría de edad del nuevo monarca Alfonso XI, obtienen de este que se les otorgue y confirme el mismo estatuto jurídico y fiscal, el titulo de villa independiente de Kontrasta y con fuero de Vitoria, que ya habia obtenido anteriormente de sus tutores. Así quedo, pues, San Vicente como «[…]Real y villa sobre si, sin la voz de Contrasta, con el fuero de Vitoria y autorización para cerrarla a costa de la misma villa[…]».

En el transcurso de los siglos, la villa y todo el Valle de Arana, fueron objeto del afán geopolítico de los Gaona, linaje oñacino bien establecido en los principales accesos de montaña desde el Ebro a la Llanada, siendo a fines del siglo XIV cuando se instalaron con fuerzas en el valle tras concederles Enrique II /trastámara el señor de Kontrasta y sus aldeas de Ullibarri y Alda.

Los Gaona y sus sucesores los Lazkano trataron de extender sus señorías a San Vicente, pero en estas pretensiones la villa siempre fue protegida por los reyes. Por sentencia de la reina doña Juana, fechada el 23 de abril de 1505, la villa continuo realenga en contra de las pretensiones de Don Bernardino de Lazkano, señor de Kontrasta y sus aldeas. En 1513, la misma reina liberaba a San Vicente del tributo anual de mil maravedís y treinta fanegas de trigo, acaso por esto aparecen los escudos de Doña Juana y Don Felipe en el interior de la parroquia de la villa. Siglo y medio después, en 1638, Felipe IV confirmaba a la villa sus privilegios realengos.